La población zipaquireña es en su mayoría es católica romana, por lo que la ciudad cuenta con 2 catedrales y más de 20 iglesias o templos, que celebran el rito católico, un pequeño porcentaje de la población es perteneciente al culto cristiano y otro porcentaje más pequeño a La iglesia de los testigos de Jehová. Algunos de los templos de rito católico son:

• Catedral de la Santísima Trinidad y San Antonio de Padua de Zipaquirá.

• Catedral de Sal de Zipaquirá, la Primera Maravilla de Colombia.

• Iglesia de la Esmeralda.

• Iglesia de San Pablo.

• Iglesia de San Rafael.

• Iglesia de San Carlos.

• Iglesia de Barandillas.

• Iglesia de los dolores, se considera la primer iglesia de Zipaquirá, edificada en el s. XVII.

• Iglesia del Convento de las hermanas de CASAF.

• Iglesia del cedro, esta iglesia ha recibido el título de la Capilla Sixtina de Latino américa.

• Capilla del Sagrario.